マイブーム@技術と生活

仕事や生活に関わる技術的なことを記述します。

RaTG13 (続き)

受容体結合ドメイン receptor binding domain (RBD)

SARS-CoV-2 は, RaTG13 とほぼ同じだが, 受容体結合ドメインのみ異なります。その部分は, センザンコウ コロナウイルス とほぼ同一で, 人の ACE2 受容体に結合するよう最適化されています。

センザンコウの生息の少なさと, RaTG13 はセンザンコウの ACE2 に感染らないことから, RaTG13 と センザンコウ コロナウイルス が同時感染して自然結合することは考え難い。

CRISPR-Cas9

ゲノム編集技術

遺伝暗号 codon

wiki の図。mRNA分子に沿って一連のコドンを示している。各コドンは3ヌクレオチドからなり, 一つのアミノ酸を指定している。

ラニン alanine

アミノ酸の一つ。CH3CH(NH2)COOH。コドン:GCU, GCC, GCA, GCG。

アデノシン adenosine

ヌクレオシドの一つ。

セリン serine

アミノ酸の1つ。コドン:UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC (U->T?)。

切断部位 cleavage site

人工由来 artificial origin

スパイク(コロナウイルスの突起) 単量体 spike monomer

PRRA アミノ酸 PRRA amino acid

開裂部位に4アミノ酸"PRRA" (12塩基)が挿入された配列になっている。(参考)

フーリン酵素 enzyme furin

フーリンはタンパク質。フーリンは他のタンパク質を切断。
SARS-CoV-2の際立った特徴の一つが、S1/S2部位に、SARS-CoVを含む近縁のコロナウイルスにはみられない4つのアミノ酸配列(PRRA)の挿入が見られることである。結果として、SARS-CoV-2のS1/S2配列は、SPRRAR↓SVASになっており、furinで開裂を受けると考えられている。(参考)

宿主細胞 host-cell

RR motif, twin-arginine (RR) motif

アルギニンは天然に存在するアミノ酸のひとつ。コドン:CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG
ある一定の機能を持つと期待される特徴的な共通の配列や構造をモチーフ(motif)といいます。(参考)

起爆剤 detonator

もり harpoon

錨(いかり) anchor

https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698

 

 

 

 

 

RaTG13

RaTG13

コウモリコロナウイルス RaTG13 は, キクガシラコウモリに感染する, SARS に似た, ベータコロナウイルスです。2021 年現時点では, COVID-19 を発症する SARS-CoV-2 ウイルスに最も近縁のウイルスです。

自然宿主

ウイルスが自然界で存続する場を提供している動物。一般的にウイルスは平和共存している。

雲南省の墨江八二族自治県にある鉱山

武漢とは大分離れているみたい。

石正麗 Zheng-li Shi

武漢ウイルス研究所の著名研究者。2019年秋, 同研究所の複数の研究者はコロナウイルス感染症と似た症状が出て, 体調を崩した。

進化系統樹

こちらの論文。日本で検出された Rc-o319 は, そのスパイクタンパク質は, ヒトの ACE2 受容体には感染しなかった。RaTG13 は SARS-CoV-2 の隣。

分子生物学

こちらの論文 (2021/5/27, ACS Medicinal Chemistry Letters)。分子生物学では, SARS-CoV-2 は, 研究所において RaTG13 の遺伝子操作で機能獲得し作られたことを示している。え。

 

 

 

 

 

モンハンライズの操作方法を覚える

■ 移動中

移動
 左スティック

カメラ操作
 右スティック

武器を手に持つ
 X

武器をしまう
 Y

武器を振る
 A

犬に乗る
 A長押し, Bで降りる

回復する
 回復薬, (選択)L長押しYA, (使用)Y

肉を焼く
 肉焼きセット (生肉があるとき), (選択)L長押しYA, (使用)Y, (完成)A
 生肉 -> カーグァ60%, ブンブジナ70%

食べる
 こんがり肉, (選択)L長押しYA, (使用)Y


 ZL 長押し ZR

■ 始め方・終り方

エスト開始
 集会所に行く, 橋を渡って左に曲がって, 下り坂の手前
 ミノトさんと話す, 前回倒していなければ同じクエストを選ぶ
 右の出口から出発
 支給品ボックスから物を取る

エスト中断
 +ボタン
 クエストから帰還
 すべて受け取る

終了
 クエストを抜ける
 +ボタン
 ゲーム終了
 ホームボタン
 スリープ

■ ゲージ
 体力
 空腹度
 武器を研ぐとき

■ 戦闘

殴りかかり (再掲)
 X

武器を振る (再掲)
 A

斜め切り
 X+A 同時押し

強めの技
 練気ゲージをためて ZR 

納刀
 ZR+B 同時押し
  抜刀1 X ZR
  抜刀2 ZR ZR

回復 (再掲)
 Y

回避

 Lスティックで移動しながら B

着目
 Rスティック押し込みでターゲットを決める, Lを軽く押せばそっちに向く
 右上に3つの着目モンスターが登録されている, Rスティック押し込みでどれかを選択
 大型モンスターが対象

■ 武器や防具の強化
 加工屋, お城の入り口右, 鉄鉱石が必要
 しばらく無理

 

 

 

 

 

 

新型コロナウイルス治療薬を分かりやすく

https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/210407-000000.html
RNA ウイルスの感染を阻害する既存薬の同定
―複数の異なる RNA ウイルスに対して宿主細胞の感受性を下げることにより感染を抑制する薬剤―

20210407_1_233117.pdf
RNA ウイルスの感染を阻害する既存薬の同定
―複数の異なる RNA ウイルスに対して宿主細胞の感受性を下げることにより感染を抑制する薬剤―

https://www.chemicaldaily.co.jp/ciraなど、骨粗しょう症薬「ラロキシフェン/
CiRAなど、骨粗しょう症薬「ラロキシフェン」、新型コロナ感染阻害作用を確認

https://www.nbc-nagasaki.co.jp/nbcnews/detail/5476
長崎大など ”2種類の既存薬 新型コロナに効果”

 

■ キーワード
RNA ウイルス活性を呈する既存薬
Huh7 細胞におけるエボラウイルス
Vero E6 細胞における新型コロナウイルス
Raloxifene, Toremifene, Clomifene の選択的エストロゲン受容体モジュレーター (SERM)
PPARγ アゴニストである Pioglitazone
SARS-CoV-2 のスパイクタンパク質を有する疑似型水疱性口内炎ウイルス (VSV)
VSV 糖タンパク質を持つ VSV
 
同定: それが何であるかを突き止める
RNA ウイルス: 新型コロナウイルスRNA ウイルスに分類される

 

■ 要約
ヒト iPS 細胞に RNA ウイルス (センダイウイルス) を感染させ, 医薬品を投与して, 500種類の医薬品の中から, 効果があり副作用の懸念が少ない医薬品を5個見つけた。

センダイウイルスが発現する EGFP (改良緑色蛍光タンパク質) を観察することによってウイルスの感染力を測定している。

次に, Huh7 細胞と Vero E6 細胞を用いて, エボラウイルスSARS-CoV-2 に対する抗ウイルス効果を評価した。

Raloxifene, Toremifene, Clomifene は, エボラウイルスSARS-CoV-2 に対して抗ウイルス作用を示した。

Pioglitazone は, SARS-CoV-2 に対して抗ウイルス作用を示した。

さらに, Raloxifene と Pioglitazone は, Vero E6 細胞において, SARS-CoV-2 に対して相乗的な抗ウイルス作用を示した。

最後に, SERM が SARS-CoV-2 の宿主細胞への侵入を阻害するかどうかを検証した。SERM は, SARS-CoV-2 のスパイクタンパク質を持つ疑似型 VSV の感染を阻害した。VSV 糖タンパク質を持つ VSV に対しては影響が無いことから, SERM の効果が証明された。

 

■ 候補
骨粗しょう症治療薬「ラロキシフェン」 (SERM)
糖尿病治療薬「ピオグリタゾン」 (Pioglitazone, PPAR-γ 阻害剤)
新型コロナ治療薬「レムデシビル」 (レムデシビルの作用機)

 

https://wired.jp/2020/05/20/the-search-for-a-covid-19-research-animal-model/
ワクチン開発における動物モデル
アフリカミドリザルが重度の肺疾患を発症した
検査で正常と診断された翌日に突然、極めて重度の肺炎の兆候を示した

 

 


 

新しい導入美容液:ICE 社、ICHIKA、iPS−SNA プレミアムコスメ

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ICE 社、ICHIKA、iPS−SNA プレミアムコスメ (最新美容液)


iPS細胞を培養するときの上清液に含まれる大量の成長因子やサイトカインやエクソソームが、肌の新陳代謝を向上させます。また、頭皮においては育毛発毛効果、アトビーやニキビに対しては抗炎症作用があることが医療の分野で実証されています。

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iPS細胞培養上清液 20% 配合 / 40ml
43,780円

iPS細胞培養上清液 10% 配合 / 40ml
32,780円

iPS細胞培養上清液  5% 配合 / 40ml
16,280円

 

New skincare booster!
ICE inc, ICHIKA, iPS-SNA Cosmetics Premium:
Many growth factors and cytokines in iPS cell culture supernatant improve the metabolism of skin. They help hair growing and hair restoration too. And they have anti-inflammatory effects in pimples and atopy.

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Pro MiniPC PN62-B、ASUS、Windows 10 Home

リアルタイムOSを使う必要があり, VirtualBoxWindows 10 Home のために, ASUS Pro MiniPC PN62-B を購入しました。

 

【購入品】

ASUS, Pro MiniPC PN62-B, ¥56,128

PCメモリー, DDR4-2666 32GB 1枚, Crucial CT32G4SFD8266, ¥13,060

SSD 1TB, CFD CSSD-S6M01TCG3VZ, ¥14,630

Windows 10 Home, パッケージ版, ¥17,600

キーボード, マウス, モニター:既存

  

【ハードウェアセットアップ】

下の4つのネジを外す

カバーを右にずらす

モリー取り付け

SSD 取り付け, カバーの裏にネジ (4本) で取り付ける, カバーを取り付けるときに SATA コネクタに差し込む

Windows 10 Home インストール

Microsoft のメールアドレスでアカウント作成

Wifi 接続

PIN:いつもの

設定 - 更新プログラムのチェック

 

【アプリケーションセットアップ】

VirtualBox ダウンロード (6.1.16, Windows hosts) とインストール

ファイル - ホストネットワークマネージャー
  プロパティ
    アダプターを手動で設定
    IPv4 アドレス:192.168.40.240
    IPv4 ネットマスク:255.255.255.0

仮想マシン ー 新規
  名前:MY RTPC
  タイプ:Linux
  バージョン:Debian (64-bit)
  メモリーサイズ:8192 MB
  仮想ハードディスクを作成する
  ハードディスクのファイルタイプ:VDI (VirtualBox Disk Image)
  物理ハードディスクにあるストレージ:可変サイズ
  仮想ハードでぃしくのサイズ:80.00 GB

Linux Debian (64-bit) が選択できないときの対処方法
参考:VirtualBoxで64bitOSが選択できないときの対処方法
BIOS, 詳細, CPU設定, Intel(R) VT-d を有効にする

DEL キー押下
BIOS
Advanced
CPU Configuration
Intel (VMX) Virtualization Technology: Disabled -> Enabled
Exit
Save Changed & Reset

 

仮想マシン ー 設定
ネットワーク
  割り当て:ホストオンリーアダプター
  高度
    MACアドレス:****
ストレージ
  ハードディスク
    ※ 仮想的なサイズの変更
    参考:VirtualBox - 仮想ディスク(.vdi)のサイズ(容量)変更 - PC設定のカルマ
    VirtualBox を一旦閉じて, コマンドプロンプトで, 
    cd "C:\Users\username\VirtualBox VMs\MY RTPC"
    "C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage" modifyhd  "MY RTPC.vdi" --resize 81920
  光学ドライブ:DVDアイコンをクリック, 仮想光学ディスクの作成/選択
    追加, iso ファイルを指定
システム
  プロセッサー:4 CPU

仮想マシン ー 起動

RTOS インストール後, 3回くらい自動的に再起動がかかって, いけた

 

Edge は使い難いので, Firefox をインストール
サクラエディタをインストール

 

【カスタマイズ】

□ PC を起動したとき, VirtualBox仮想マシン自動起動する
start "" /b "C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe" startvm "MY RTPC"
参考:[VirtualBox] Windows10起動時に特定の仮想マシンを自動起動させる方法 | Search Light(CakePHP PHP jQuery JavaScript CSS Linux MySQLMac)

※ 他のユーザーでも使えるように, "C:\Users\username\VirtualBox VMs\MY RTPC" から "C:\MYData\MY RTPC" にコピー, 元は削除

□ PC を起動したとき, 自動ログインする
ユーザーを追加
Microsoft アカウントを使わずにサインインする
ローカルアカウント
ユーザー名:asus
パスワード:一時的のやつ
参考:Windows 10 自動ログイン方法とは? パスワード入力を省略しちゃいましょう!
参考:Windows 10 [netplwiz]自動ログインの設定が表示されない時の対処法-パソブル

□ 外部ネットワークから接続可能にする
以下に変更する
仮想マシン ー 設定
ネットワーク
  割り当て:ブリッジアダプター
  名前:Intel(R) Ethernet Connection (10) I219-V
※ 自PCからは繋げられなくなる
※ 念のため, ネットワークアダプタの設定を, 192.168.40.235, 255.255.255.0 に変更


影響が無いように, 他のネットワークアダプタ (Wifi など) を無効

Windows, 電源ボタンの動作の選択, システム設定
  電源ボタンを押したときの動作, シャットダウン
  下の4つのチェックボックスを外す
 

家で, RTPC を繋げるホストPCで, もう1つのネットワークで, 外部ネットワークに繋げるのは難しい (Multi LAN 設定にて, iPhone Wifi, または, USB 有線 LAN, どちらでも)


ネットワークアダプタのスリープの解除

管理者権限ユーザーでコントロールパネルを開く

バイスマネージャー

Intel Ethernet Connection I219-V のプロパティの, 電源の管理タブで, 

2つのチェックボックスを外す (デバイスの電源をオフ, スタンバイ状態を解除)


 

 

 

iPad mini をPC化する

【マウスの追加】

設定, アクセシビリティ

    AssistiveTouch, ON

    メニューを常に表示, OFF

    デバイス, Bluetoothバイス, ELECOM M-BT15BRSWH

  

【Gboard の追加】

矢印キーを使うため, Gboard を追加する

App Store で Gboard を追加

設定, 一般

    キーボード, キーボード, 新しいキーボードを追加

        フルアクセスを許可, OFF

Gboard のアイコンをタップ, Godan を選択

 

アルバイトのうるさいババア

何で採用されているのか分からないが, 飲食店などでアルバイトで働いている, 調理場で説教たれて, うるさいお婆ちゃんの一覧

神奈川県, 某駅, 蕎麦や
神奈川県, 某駅, モ○バーガー
東京都, 某駅, ド○ールコーヒー

 

レストランで食事する音がうるさいお爺ちゃんも追加。耳が悪いのだろうか。

 

話さないし, 時間帯も暇なときだけど, 有○○ビックカメラのレジも, お婆ちゃん。

 

冬になると, 少し静かになる?