マイブーム@技術と生活

仕事や生活に関わる技術的なことを記述します。

RaTG13 (続き)

受容体結合ドメイン receptor binding domain (RBD)

SARS-CoV-2 は, RaTG13 とほぼ同じだが, 受容体結合ドメインのみ異なります。その部分は, センザンコウ コロナウイルス とほぼ同一で, 人の ACE2 受容体に結合するよう最適化されています。

センザンコウの生息の少なさと, RaTG13 はセンザンコウの ACE2 に感染らないことから, RaTG13 と センザンコウ コロナウイルス が同時感染して自然結合することは考え難い。

CRISPR-Cas9

ゲノム編集技術

遺伝暗号 codon

wiki の図。mRNA分子に沿って一連のコドンを示している。各コドンは3ヌクレオチドからなり, 一つのアミノ酸を指定している。

ラニン alanine

アミノ酸の一つ。CH3CH(NH2)COOH。コドン:GCU, GCC, GCA, GCG。

アデノシン adenosine

ヌクレオシドの一つ。

セリン serine

アミノ酸の1つ。コドン:UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC (U->T?)。

切断部位 cleavage site

人工由来 artificial origin

スパイク(コロナウイルスの突起) 単量体 spike monomer

PRRA アミノ酸 PRRA amino acid

開裂部位に4アミノ酸"PRRA" (12塩基)が挿入された配列になっている。(参考)

フーリン酵素 enzyme furin

フーリンはタンパク質。フーリンは他のタンパク質を切断。
SARS-CoV-2の際立った特徴の一つが、S1/S2部位に、SARS-CoVを含む近縁のコロナウイルスにはみられない4つのアミノ酸配列(PRRA)の挿入が見られることである。結果として、SARS-CoV-2のS1/S2配列は、SPRRAR↓SVASになっており、furinで開裂を受けると考えられている。(参考)

宿主細胞 host-cell

RR motif, twin-arginine (RR) motif

アルギニンは天然に存在するアミノ酸のひとつ。コドン:CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG
ある一定の機能を持つと期待される特徴的な共通の配列や構造をモチーフ(motif)といいます。(参考)

起爆剤 detonator

もり harpoon

錨(いかり) anchor

https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698